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同时，为加快污染治理进度，鼓励高水平治理，根据排污者污染治理情况和排放水平，实施差别化的排污收费政策。对按上海工业VOCs治理方案要求完成废气治理的，排放浓度低于或等于排放限值的50%，且当年未受到环保部门处罚的，按收费标准的50%计收排污费;对于未按方案要求完成废气治理的，或废气治理设施运行不正常，或挥发性有机物超标排放等环境污染行为的，按收费标准的2倍计收排污费。
为淘汰落后产能、推进产业结构调整，对列入国家和本市限制类、淘汰类名录的相关企业(工艺、设备、产品等)实施差别化收费，与本市差别电价等政策形成合力。其中，对淘汰类相关企业按收费标准的2倍计收排污费，对限制类相关企业按收费标准的1.5倍计收排污费。
上海市环保局表示，通过本次挥发性有机物(VOCs)排污收费试点工作，可加快推动有关企业按照本市VOCs减排计划和排放标准实施治理改造，预计到2017年底可使本市工业VOCs排放总量减少50%以上，有利于进一步改善本市空气环境质量。
排污费使用严格实行“收支两条线”，征收的排污费全部按要求上缴国库，纳入财政一般公共预算管理，按照国家有关规定重点用于本市环境污染防治相关工作。
